Blender Plugin: Neuromorph pour analyser la structure du cerveau, mais pas seulement !

Neu­ro­Morph est un plu­g­in qui per­met d’importer sous Blender des mesh­es 3D dérivés de sources d’images 2D pris­es avec un micro­scope élec­tron­ique. Le plu­g­in est open source et son dépôt est sur github. Il y a un papi­er de recherche sur la ques­tion – il a été élaboré par le cvlab de l’EPFL en Suisse. Blender n’est pas qu’une suite de créa­tion 3D et de mon­tage vidéo des­tiné au ciné­ma et au monde du jeu vidéo. De plus en plus de chercheurs utilisent son coté “pro­gram­ma­ble” pour dévelop­per des out­ils per­me­t­tant d’améliorer leurs travaux. Et ces out­ils se retrou­vent rapi­de­ment sous la forme de plu­g­ins plus ou moins mécon­nus du grand pub­lic. Et c’est bien dom­mage. Analysons ce plu­g­in Neu­ro­morph d’un peu plus près !

Les mesh­es 3D sont obtenus à par­tir de logi­ciels comme ilastik et Fiji qui, sem­ble t-il, trans­for­ment dif­férentes vues 2D (en coupe) en un mod­èle 3D. Toute­fois, il s’agit d’un mod­èle assez com­plexe et dif­fi­cile­ment util­is­able tel quel. C’est là que Neu­ro­morph inter­vient.

La vidéo ci-dessus nous mon­tre com­ment le mod­èle importé (recon­stru­it par d’autres softs) d’un morceau de neu­rone (une den­drite) peut être visu­al­isé avec les plans en coupe 2D qui ont servi à le génér­er. On voit com­ment mod­i­fi­er le mail­lage en mod­i­fi­ant la pro­fondeur de l’octree par exem­ple, et ce, afin de le sim­pli­fi­er. On pour­ra égale­ment ajouter des mark­ers (points ou régions). Un mode “grid” per­met aus­si de retrou­ver l’objet cor­re­spon­dant à un point de la coupe 2D… mais je ne sais pas com­ment c’est organ­isé dans le mod­èle importé.

On peut mesur­er facile­ment une dis­tance (et pas seule­ment d’un point à l’autre, mais aus­si en par­courant la sur­face – une géodésique util­isant l’espace sur­face de l’objet – “Short­est Dis­tance on Mesh”), une sur­face ou un vol­ume.

Un autre out­il, mais qu’on ne voit pas dans la vidéo, per­met de cal­culer la ligne cen­trale suiv­ant un axe (prob­a­ble­ment celui de la coupe, mais pas cer­tain) dans un vol­ume don­né. C’est prin­ci­pale­ment util­isé pour le par­cours veineux, pour suiv­re la tra­jec­toire avec le Vas­cu­lar Mod­el­ing Toolk­it.

Il y a égale­ment d’autres out­ils présen­tés à cette adresse ain­si que des out­ils pour analyser la prox­im­ité de régions ou de sur­faces.

Donc, vous l’aurez com­pris, c’est un out­il per­me­t­tant d’analyser la struc­ture du cerveau, très utile pour les neu­ro­sciences, mais comme il est open source, il peut être adap­té à tout type de besoin, lorsqu’on tra­vaille avec des images en coupe. Voilà, je n’ai pas encore ren­con­tré de mem­bres du CVLab, même si je reviens d’une semaine à l’EPFL, mais ça ne saurait tarder 😉

Voir les autres addons de Blender sur la page dédiée.

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