Blender Plugin: Neuromorph pour analyser la structure du cerveau, mais pas seulement !

NeuroMorph est un plugin qui permet d’importer sous Blender des meshes 3D dérivés de sources d’images 2D prises avec un microscope électronique. Le plugin est open source et son dépôt est sur github. Il y a un papier de recherche sur la question – il a été élaboré par le cvlab de l’EPFL en Suisse. Blender n’est pas qu’une suite de création 3D et de montage vidéo destiné au cinéma et au monde du jeu vidéo. De plus en plus de chercheurs utilisent son coté “programmable” pour développer des outils permettant d’améliorer leurs travaux. Et ces outils se retrouvent rapidement sous la forme de plugins plus ou moins méconnus du grand public. Et c’est bien dommage. Analysons ce plugin Neuromorph d’un peu plus près !

Les meshes 3D sont obtenus à partir de logiciels comme ilastik et Fiji qui, semble t-il, transforment différentes vues 2D (en coupe) en un modèle 3D. Toutefois, il s’agit d’un modèle assez complexe et difficilement utilisable tel quel. C’est là que Neuromorph intervient.

La vidéo ci-dessus nous montre comment le modèle importé (reconstruit par d’autres softs) d’un morceau de neurone (une dendrite) peut être visualisé avec les plans en coupe 2D qui ont servi à le générer. On voit comment modifier le maillage en modifiant la profondeur de l’octree par exemple, et ce, afin de le simplifier. On pourra également ajouter des markers (points ou régions). Un mode “grid” permet aussi de retrouver l’objet correspondant à un point de la coupe 2D… mais je ne sais pas comment c’est organisé dans le modèle importé.

On peut mesurer facilement une distance (et pas seulement d’un point à l’autre, mais aussi en parcourant la surface – une géodésique utilisant l’espace surface de l’objet – “Shortest Distance on Mesh”), une surface ou un volume.

Un autre outil, mais qu’on ne voit pas dans la vidéo, permet de calculer la ligne centrale suivant un axe (probablement celui de la coupe, mais pas certain) dans un volume donné. C’est principalement utilisé pour le parcours veineux, pour suivre la trajectoire avec le Vascular Modeling Toolkit.

Il y a également d’autres outils présentés à cette adresse ainsi que des outils pour analyser la proximité de régions ou de surfaces.

Donc, vous l’aurez compris, c’est un outil permettant d’analyser la structure du cerveau, très utile pour les neurosciences, mais comme il est open source, il peut être adapté à tout type de besoin, lorsqu’on travaille avec des images en coupe. Voilà, je n’ai pas encore rencontré de membres du CVLab, même si je reviens d’une semaine à l’EPFL, mais ça ne saurait tarder 😉

Voir les autres addons de Blender sur la page dédiée.

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